第1殿　饒速日命

　饒速日命(にぎはやひのみこと)は古代の空の神といわれ、天津神のみことのりをうけて「天爾瑞宝十種」を奉じお供の神三十二柱を従えて天磐船という飛行船に乗って、河内国河上の哮峯に天降られた。そこから再び天磐船に乗り大空を翔行き大以倭国鳥見白庭山に遷り坐した神様です。
　命が天降られた哮峯には、磐船神社（大阪府交野市私市）があり、ご神体は天磐船といわれる大石でその形が大船に似ているところから信仰の対象となっています。
　当社には大正４（1915）年に二宮忠八翁が飛行神社創建に当たって磐船神社（大阪府交野市）よりご分霊いただきました。
第2殿　祖霊社
　航空事故で亡くなられた方々、技術革新、指導に当たられ航空業界に多大な影響を与えられた方々をお祀りしております。
　二宮忠八翁は空に関わられた全ての御霊と共に航空安全、航空業界の発展を祈るため、この飛行神社を創建しました。
　航空安全はもちろん、忠八翁等の発明者をお祀りしていることから、開発発明祈願や、学業成就合格祈願などの信仰も深くございます。
　毎年4月29日の年次祭ではその年に亡くなられた御霊をこのお社に合祀いたします。
第3殿　薬光神社
　薬光神社は薬業界の偉人とされる長井博士や二宮忠八翁が共に働いた武田長兵衛、田辺五郎、塩野義三郎などの薬学界の仲間を薬祖神としてお祀りしております。
　健康長寿、病気平癒、医学界・薬学界の発展を祈念するお社です。
　またこの地には白い蛇がおられました。白蛇はこの社殿創建時にいなくなった事でこのお社にお籠りになられたと言われております。白蛇は白龍神と言われ金運・開運の神様としてお祀りされております。

末社　常盤稲荷社
　福徳をもたらす常盤稲荷社がある。